1991 m. rugsėjo 10 d. Azerbaidžanas pripažino Lietuvą de jure.
1995 m. lapkričio 27 d. užmegzti diplomatiniai santykiai.
2001-2006 pirmoji Lietuvos ambasadorė Azerbaidžanui buvo Halina Kobeckaitė (rezidavo Turkijoje).
2007-2011 pirmoji Azerbaidžano ambasadorė Lietuvoje buvo Naira Shakhtahtinskaya.